Формирование фонда Научной библиотеки НИИ кардиологии началось в 1980 году, одновременно с открытием института. Первые книги были подарены ВКНЦ АМН СССР. В последующие годы фонд библиотеки формировался в соответствии с главными направлениями деятельности института.
Сегодня в состав фонда входят: монографии, сборники, методические пособия, авторефераты диссертаций, отечественные и зарубежные журналы, книги на иностранных языках, включая коллекцию издательства «SpringerVerlag» (Германия), переданную в дар институту. Библиотечный фонд располагает уникальным собранием диссертаций ученых Сибири и Дальнего Востока, защищенных в диссертационном совете НИИ кардиологии.
Ежегодно библиотека выписывает более 30 наименований периодики по кардиологии, терапии, смежным отраслям знаний.
Помимо печатных изданий читателям предоставляется доступ к электронным ресурсам, включая полнотекстовые версии научных журналов Научной электронной библиотеки «eLIBRARY.RU».