Научные подразделения НИИ кардиологии Томского НИМЦ сгруппированы в пять крупных научных отделов, представленные 19 отделениями:
Отдел клинической кардиологии:
- Отделение неотложной кардиологии
- Отделение атеросклероза и хронической ишемической болезни сердца
- Отделение артериальных гипертоний
- Отделение детской кардиологии
- Отделение патологии миокарда
- Отделение сердечно-сосудистой хирургии
- Лаборатория медицины критических состояний
- Отделение клинической лабораторной диагностики
- Лаборатория инфаркт-ассоциированного шока
- Криобанк биологических образцов
Отдел интервенционной кардиологии:
Отдел лучевой диагностики:
- Отделение рентгеновских и томографических методов диагностики
- Лаборатория радионуклидных методов исследования
- Лаборатория ультразвуковых и функциональных методов исследования
Отдел популяционной кардиологии:
- Отделение амбулаторной кардиологии
- Лаборатория регистров сердечно-сосудистых заболеваний, высокотехнологичных вмешательств и телемедицины
Отдел экспериментальной кардиологии:
- Лаборатория экспериментальной кардиологии
- Лаборатория молекулярно-клеточной патологии и генодиагностики
- Виварий
Коллектив научных подразделений представляют 176 научных сотрудника НИИ кардиологии, из них 2 академика и 1 член-корреспондент РАН, 42 доктора наук, включая 17 профессоров, 113 кандидатов наук, 4 заслуженных деятеля науки РФ, 2 заслуженных врача РФ, 1 заслуженный работник здравоохранения РФ, 4 почетных кардиолога РФ.
40% научных сотрудников еще не достигли возраста 40 лет.